棒メニューの「土地保護メニュー」から「保護設定用の木の斧を召喚（白い斧）」を選択するか、//wandコマンドで保護領域設定用の木の斧が取得できます。
保護したい領域（領域は必ず長方形になります）の対角となる地点をそれぞれ左クリック、右クリックして「土地保護メニュー」の「保護の作成（金の斧）」を選択すると領域が保護されます。
実際の保護領域は対角点を含むグリッド単位になるように自動的に調整されます。

詳しくは公式HPの保護について→基本的な保護の仕方をご覧ください。

保護領域の設定と保護の作成を全てメニューGUIで行う方法です。
こちらも詳しい操作方法が公式HPの保護について→​グリッド式保護に記載されています。
ただし、グリッド式保護メニューによる保護領域は指定地点がずれたりすることがあります。

公式HPには詳しい方法が解説されていませんが、コマンドのみで保護領域の設定と保護の作成を行うことが可能です。
ここでは２通りの方法で保護領域を作成するコマンドを紹介します。

コマンド	概要	使用例
//pos1 x,y,z	保護領域となる長方形の対角の始点を座標で指定します。 y座標（高さ）は無視されますのでどのような値でも問題ありません。	//pos1 1000,0,-1000
//pos2 x,y,z	保護領域となる長方形の対角の終点を座標で指定します。 y座標（高さ）は無視されますのでどのような値でも問題ありません。	//pos2 1200,0,-1200
/rg claim 保護領域名	//pos1と//pos2で指定した範囲で保護領域を作成します。 保護領域名はサーバー内で他の保護領域名と被らないように命名しなければなりません。 「ユーザー名_連番」などの名称にするのが無難です。	/rg claim yourMCID_123

使用例のようにコマンドを打つと、(990,0,-1200)〜(1214,0,255,-991)の範囲が保護されます。木の斧による保護と同様に、視点と終点がグリッドに収まるよう保護範囲が自動調整されます。

コマンド	概要	使用例
//pos1	保護領域となる長方形の対角の始点をプレイヤーの現在位置で設定します。	//pos1
//pos2	保護領域となる長方形の対角の終点をプレイヤーの現在位置で設定します。 //pos1と全く同じ座標でも問題ありません。	//pos2
//expand ブロック数 方角	//pos1と//pos2で設定した長方形の領域を、「方角」の方向に「ブロック数」分拡張します。領域は長方形の形になるように維持されます。 方角は"東西南北"を表す"EWSN"、プレイヤーの向きから"前後左右上下"を表す"FBLRUD"から指定します。マップを見ながら指定しやすい東西南北で指定する方法がおすすめです。	//expand 1000 N (領域を北へ1000ブロック分拡張)
/rg claim 保護領域名	//pos1と//pos2で指定した範囲で保護領域を作成します。 保護領域名はサーバー内で他の保護領域名と被らないように命名しなければなりません。 「ユーザー名_連番」などの名称にするのが無難です。	/rg claim yourMCID_123

例えば下記のようにコマンドを打つと、現在位置から北へ16グリッド、東へ16グリッド、計256グリッド(240x240ブロック）の領域が保護されます。

//pos1
//pos2
//expand 225 N
//expand 225 E
/rg claim yourMCID_123

コマンド	概要	使用例
/rg remove 保護領域名	指定した保護領域名の保護を削除します。GUIメニューの保護領域削除とは異なり、10秒のカウントダウンはありません。	/rg remove yourMCID_123

コマンド一覧はこちらをどうぞ。

保護領域内では、

• 保護領域内で活動できるプレイヤーの追加、削除
• 延焼、氷の融解などの現象のON,OFF
• PVPの設定
• チェストの使用可能設定

などが行えます。詳しくは公式HPの保護について→保護のフラグ設定、確認、消去方法をご覧ください。
無闇に設定を変更すると保護が無効になったり、他人に荒らされる可能性があります。フラグ設定は慎重に行ってください。